De bilaterale relaties tussen Vlaanderen en Estland bestonden reeds in de middeleeuwen met de handelscontacten tussen beide in het Hanzeverbond. Meer recent werd in 1996 een samenwerkingsovereenkomst ondertekend dat betrekking heeft alle domeinen waarvoor Vlaanderen bevoegd is, en wordt driejaarlijks geconcretiseerd door middel van een werkprogramma. In 2016 werd de twintigste verjaardag van dit verdrag gevierd met tal van culturele, academische en economische evenementen en bracht minister-president Geert Bourgeois een bezoek aan Tallinn. Estland was ook een belangrijke begunstigde van het Vlaamse Samenwerkingsprogramma Centraal- en Oost-Europa, waarbij Vlaamse en Estse partners vanuit allerhande disciplines projecten uitvoerden. Vlaanderen werkt tevens nauw samen met het Estonian Center of Eastern Partnership.
Sinds 1992 is Centraal- en Oost-Europa een prioritaire partnerregio binnen het Vlaamse buitenlands beleid van alle opeenvolgende Vlaamse Regeringen. Er werden zeer hechte en diepgaande verbanden tot stand gebracht door middel van verdragen, projecten, uitwisselingen, samenwerkingsprogramma’s, … Mede om de opgebouwde netwerken en contacten met de Baltische Staten, de erkenning en het vertrouwen blijvend te valoriseren, werd door minister Bourgeois beslist om Estland, Letland en Litouwen toe te voegen aan het ambtsgebied van de in oktober 2007 geopende Vlaamse Vertegenwoordiging in Warschau.
- Overeenkomst betreffende de deelname van Tsjechië, Estland, Cyprus, Hongarije, Letland, Litouwen, Malta, Polen, Slovenië en Slowakije aan de Europese Economische Ruimte
- Verdrag betreffende de toetreding van Tsjechië, Estland, Cyprus, Letland, Litouwen, Hongarije, Malta, Polen, Slovenië en Slowakije tot de Europese Unie
- Europa-Overeenkomst waarbij een associatie tot stand wordt gebracht tussen de Europese Gemeenschappen en hun Lidstaten, enerzijds, en de Republiek Estland, anderzijds
- Overeenkomst tussen de Belgisch-Luxemburgse Economische Unie en de Republiek Estland inzake de wederzijdse bevordering en bescherming van investeringen
- Samenwerkingsverdrag tussen de Vlaamse regering en de Republiek Estland
Digitalisering centraal bij bezoek Vlaamse minister-president aan Estland en Finland Ontmoeting Vlaanderen - Estland Benelux en Baltische Staten erkennen hoger onderwijs diploma’s 9de werkprogramma met Estland in teken van cultuur en e-government Vlaanderen werkt samen met Estland aan democratische instellingen in Oekraïne