Mozambique is een van de drie prioritaire landen van de Vlaamse ontwikkelingssamenwerking. De samenwerking ging in 2002 van start. In de beginperiode 2002-2006 ging het vooral om project georiënteerde en relatief kleinschalige samenwerking. Alle aandacht gaat naar de strijd tegen HIV/aids.
Vanaf 2006 werd de samenwerking meer gestructureerd. Gezondheidszorg wordt nu ook sectorbreed ondersteund, naast projecten in de sector onderwijs, en er wordt voortaan ook ingezet op samenwerking met 1 provincie, nl. Tete.
Vanaf 2011 lag de focus exclusief op gezondheid. In overleg met de Mozambikaanse overheid werd de nieuwe landenstrategienota 2016 - 2020, aangevuld met een ingrijpende innovatie: de consequente aandacht voor adolescenten (10-19-jarigen) als één van de meest kwetsbare groepen in de Mozambikaanse maatschappij op het vlak van gezondheid. De continuïteit op gezondheid en ook de focus op de provincie Tete bleef behouden.
In 2021 trad de vierde landenstrategienota voor ontwikkelingssamenwerking met Mozambique (2021-2025) in werking. Het hoofdthema blijft de gezondheidsector en de uitbouw van een sterker en meer performant gezondheidssysteem, zowel op centraal als provinciaal niveau. De focus op seksuele en reproductieve gezondheidszorg blijft behouden; de doelgroep vrouwelijke adolescenten wordt uitgebreid met andere kwetsbare groepen.
- Partnerschapsovereenkomst tussen de leden van de groep van staten in Afrika, het Caribisch gebied en de Stille Oceaan, enerzijds, en de Europese Gemeenschap en haar lidstaten, anderzijds
- Gezamenlijke verklaring betreffende de implementatie van het tweede landenstrategiedocument voor ontwikkelingssamenwerking tussen de Vlaamse Regering en de Regering van Mozambique
- Memorandum of Understanding op het gebied van gezondheid tussen de Vlaamse Regering en de Regering van Mozambique
- Memorandum van Overeenstemming tussen Mozambique en Canada, Catalonië, de Europese Commissie, Vlaanderen, Frankrijk, Ierland, Finland, Italië, Noorwegen, Nederland, Spanje, het Verenigd Koninkrijk en Zwitserland inzake PROSAUDE II
- Memorandum van Overeenstemming tussen de Vlaamse Regering en de Regering van Mozambique inzake ontwikkelingssamenwerking
- Subsidie voor APOPO voor uitbreiding project snelle TBC-detectie naar COVID-19, Mozambique, 2020
- Subsidie voor INS voor bescherming personeel AfriCoVER-project, Mozambique, 2020
- Subsidie 'Strengthening the health system in Mozambique', 2019
- Subsidie 'Health, Education and Adolescents Rights', 2019
- Subsidie 'improving access to inclusive, SRHR care services', 2019